Estrup er beliggende vest for hovedopholdslinien, og har således ikke været dækket af is under sidste istid (Weichsel).
Geologien varierer en del på arealet. Den dominerende aflejring er moræneler, med et særdeles veludviklet sprækkesystem ned til en dybde af mindst 5,0 m.u.t.
En betragtelig del af arealet er dog dækket af smeltevandssand. Mindre partier er kendetegnet ved tilstedeværelsen af smeltevandsler, dislokerede flager af kalk og tertiært ler, og i een boring er der truffet postglacial tørv.
Der er fundet to jordbundstyper på arealet; dels en Pseudogley typilessive, karakteriseret ved tilstedeværelsen af en udvasknings horisont og en Bt-horisont (lerakkumuleringshorisont) og dels en lessive Pseudogley typipodsol, med sandet tekstur og podsoltræk i toppen, og kendetegnet Pseudogley samt en illuvial Bt horisont i underjorden.
Teksturen i pløjelag varierer meget, lerindholdet er mellem 9-20 %.
| 
